动物科学技术学院下设动物营养与饲料科学系、动物遗传育种与繁殖系、动物生产系、水产养殖系、草业科学系；系下设教研室。学院设有动物科学、水产养殖学、草业科学共3个本科专业；其中动物科学专业1948年开始招生，现为国家“双万计划”一流本科专业建设点（2019）、国家首批卓越农林人才教育培养计划拔尖创新型试点专业（2014）、国家级特色专业（2009）和黑龙江省重点专业（2006），并从2016年开始招收动物科学专业本硕博连读班。水产养殖学专业从1999年开始招生，草业科学专业从2006年开始招生。目前在院本科生规模稳定在950人左右。
在实践教学方面，建有国家首批农科教合作人才培养基地（2012）和国家级创业人才培养创新实验区（2007）；学院下设本科教学实验中心，建有虚拟仿真实验室、显微互动实验室、创新实验室、专业基础实验室和专业课实验室；学院还与20余家校友企业建立合作基地，开展院企联合人才培养，满足实验、实习等各类实践教学需要。
